Zavod za brodogradnju i pomorsku tehniku objedinjuje pet Katedri koje su, osim nastave, nosioci stručnog i znanstvenog rada svojih članova. Zajedničke odrednice studija brodogradnje su: brojnost izbornih kolegija, mentorsko vođenje studenata, izvrsna laboratorijska infrastruktura te uključivanja studenata viših godina u istraživačke i stručne projekte.

Katedra za konstrukciju plovnih objekata obuhvaća kolegije kroz koje se stječu znanja o projektiranju konstrukcije brodova i drugih plovnih objekata, analitičkim, numeričkim i eksperimentalnim metodama određivanja čvrstoće, vibracija i dinamičke izdržljivosti brodskih konstrukcija, kao i znanja o sigurnosti, pouzdanosti i optimizaciji konstrukcija plovnih objekata za različita mehanička i valna opterećenja.

Katedra za hidromehaniku plovnih objekata objedinjuje teorijske kolegije vezane uz mehaniku fluida, kolegije vezane uz temelje struke kao što su geometrija broda, plovnost i stabilitet broda, otpor i propulzija broda te brodski propulzori kao i izborne kolegije vezane uz brze brodove, računalnu dinamiku fluida, sredstva pomorskog prometa te obnovljivu energiju mora. Znanstveno-istraživački rad Katedre usmjeren je prema računalnoj i eksperimentalnoj brodskoj hidromehanici te obnovljivoj energiji mora.

Katedra za gradnju plovnih objekata objedinjuje kolegije vezane za gradnju broda, brodograđevnu i pomorsku tehnologiju, remont i opremanje broda, te organizaciju brodograđevnog procesa. Katedra organizira industrijsku praksu u brodogradilištima i projektnim uredima te provodi terensku nastavu.

Katedra za osnivanje plovnih objekata i morsku tehniku objedinjuje kolegije iz pomorstvenosti plovnih objekata, opreme broda, osnivanja broda i pomorskih objekata. Aktivnost Katedre ogleda se u projektiranju specijaliziranih i sofisticiranih brodova, upravljivosti i ponašanju broda na valovima te projektima morske tehnike. U okviru Katedre djeluje Laboratorij za tehnologiju mora.

Katedra za strojeve i uređaje plovnih objekata izvodi kolegije usmjerene na brodske energetske sustave u cilju osnivanja, korištenja i upravljanja njihovih energetski učinkovitih, ekološki prihvatljivih i održivih konfiguracija, kao i niz kolegija koji čine okosnicu brodostrojarskog smjera studija strojarstva. Katedra raspolaže suvremenim programskim paketima za inženjersku optimizaciju, akustičke analize, cjeloživotne analize i sl., kao i mjernim sustavima za analizu potrošnje goriva, analizu sastava ispušnih plinova i itd., čija se primjena ilustrira u nastavnom procesu.